يقوم المركز الصحي في دار الأيتام الإسلامية في بيروت بإجراء المعاينة والكشف الطبي والتلقيح واختبار السل، كما يجري أطباء الإختصاص فيه المعاينات الطبية، ويؤمن العناية الصحية والوقائية والعلاجية ويشمل ذلك عيادات لطب الأسنان.
يسهر أطباء المركز على رصد ومعالجة الأمراض الأكثر إنتشاراً وشيوعاً لدى الأطفال، ونشر التوعية الخاصة بكل منها، كما ينظم ندوات للتوعية الصحية ويحرص على اصدار النشرات التثقيفية المتنوعة.
في حال استدعت حالة طبية إلى إجراء عمليات جراحية تقوم الدار بتحويلها إلى المستشفيات الخارجية.